2025年1月，鄂尔多斯国际机场运营航线39条，通达国内城市：北京、杭州、天津、成都、郑州、深圳、广州、三亚、上海、太原、昆明、武汉、西安、济南、西宁、青岛、兰州、徐州、合肥、石家庄、佛山、库车、博鳌、长沙、南京、济宁、厦门、重庆、锡林浩特、阿尔山、延安、贵阳、阿拉善左旗、呼伦贝尔、连云港、福州、赤峰、通辽、乌海、二连浩特、乌兰浩特、沈阳、哈尔滨、西双版纳，国际/地区城市：乌兰巴托、香港共计46个通航城市。

2025年1月，鄂尔多斯国际机场共有14家航空公司参与运营，分别为国航、东航、联航、南航、华夏航、川航、天航、成都航、厦门航、龙江航、江西航、匈奴航空、内蒙古通航、北方快线。